Etter å ha drept Xavier og frigjort slemme mutanter, bruker Magneto den gjenfødte Jean Grey, nå Phoenix, den mektigste mutanten mot X-Men. Mens Logan rekrutterer medlemmer fra Xaviers orignale gruppe og konfronterer et begynnende forhold med Storm, begynner Rogue og Iceman å se på seg selv som X-Mens fremtid.