Le célèbre détective Conan se rend sur l'île de Hachijô, où des ingénieurs du monde entier travaillent sur "La bouée du Pacifique", une installation de sécurité mondiale en mer. Pendant ce temps, il découvre que l'Organisation des Hommes en Noir a kidnappé une ingénieure et qu'une ombre menaçante plane sur son amie Ai Haibara.