In Men in Black 3 zijn agent J (Will Smith) en K (Tommy Lee Jones) terug... in de tijd gegaan. J heeft in z’n 15 jaar bij de Men in Black veel onverklaarbare dingen meegemaakt, maar van niets, zelfs niet van aliens, staat hij zo te kijken als van z’n knorrige, gereserveerde partner. Als het leven van K en het voortbestaan van de planeet op het spel komen te staan, moet agent J terug in de tijd reizen om alles recht te zetten. J komt erachter dat er in het universum dingen schuilgaan waarover K hem nooit iets verteld heeft – geheimen die naar boven komen als hij samen met de jonge agent K (Josh Brolin) in zee gaat om z’n partner, het bureau en de toekomst van de mensheid te redden.