Op missie om zijn wereld te redden, gaat SpongeBob SquarePants voor het eerst naar onze wereld. Als piraat Burger Beard (Antonio Banderas) het geheime recept van de geliefde Krabby Patties steelt, gaan SpongeBob en zijn vrienden aan land om de formule terug te halen. Om te zorgen dat dat lukt, moeten ze samenwerken met hun vroegere rivaal Plankton. Maar ze beseffen al snel dat als ze een superslechterik willen verslaan, ze superhelden moeten worden.