Eileen is gebaseerd op het gelijknamige boek van literaire krachtpatser Ottessa Moshfegh over een eigenaardige jonge vrouw met een mistroostig leven waarin geen eind komt aan de ellende. In het ijzige Boston van de jaren 60 leeft Eileen (Thomasin mcKenzie) tussen het groezelige, emotioneel geplaagde huis van haar vader en de gevangenis waar haar collega's haar buitensluiten. Als een betoverende vrouw (Anne Hathaway) zich bij het gevangenispersoneel voegt, is Eileen weg van haar. Net wanneer de mogelijkheid van een vriendschap (of misschien meer) een sprankje hoop in Eileens duisternis brengt, maakt haar nieuwe vertrouwelinge haar medeplichtig aan een schokkende misdaad die alles verandert.