De leden van het cryptozoölogische agentschap Monarch nemen het op tegen een reeks megamonsters, waaronder de machtige Godzilla die het gevecht aangaat met Mothra, Rodan en zijn ultieme vijand, de driekoppige King Ghidorah. Deze eeuwenoude supersoorten werden ooit beschouwd als mythen. Nu zij verrijzen en om heerschappij strijden, staat het voortbestaan van de mensheid op het spel.