Jaren na het begin van de Clone Wars, leiden de nobele Jedi een enorm Clone leger in de strijd tegen de Separatisten. Wanneer op Coruscant de Sith uit de schaduw treden en hun minutieus voorbereide plan om over de Melkweg te heersen openbaren, stort de Republiek ineen, en uit haar as verrijst de Galactische Republiek met aan het hoofd Darth Sidious. Jedi Anakin Skywalker wordt verleidt naar de Dark Side van de Force, en verandert in Darth Vader, de nieuwe leerling van de Keizer. De Jedi worden uitgeroeid, en Obi-Wan Kenobi en meester Yoda worden gedwongen te vluchten. De enige hoop voor de Melkweg ligt in de handen van de twee in het geheim geboren kinderen van Anakin en Padmé, die verborgen voor de Sith op zullen groeien, en hopelijk ooit het Keizerrijk omver zullen werpen.