Nadat een nucleaire onderzeeër op mysterieuze wijze in een afgelegen deel van de oceaan is gezonken, wordt een duikersteam op een prototype van een onderwaterbooreiland door de Amerikaanse marine in dienst genomen bij een reddingspoging. Wanneer een orkaan het contact tussen de oppervlakte en de diepten onder water verbreekt, begint de bemanning het bewijs te zien van een vreemde, mogelijk buitenaardse intelligentie. Terwijl Chief Bud Brigman (Ed Harris) ruziet met zijn ex-vrouw en baas (Mary Elizabeth Mastrantonio), begint de marinecommandant steeds meer paranoïde te worden over het mysterieuze buitenaardse leven en dreigt hij een herwonnen kernwapen te gebruiken om alles te vernietigen.