Numa missão para salvar seu mundo, SpongeBob SquarePants vem parar no nosso pela primeira vez! Quando o pirata Burger Beard (Antonio Banderas) rouba a receita secreta do adorado Krabby Patties, SpongeBob e seus amigos desembarcam em terra firme para resgatar a fórmula perdida. Para terem sucesso, eles devem se associar a seu antigo rival, Plankton, mas logo percebem que, para derrotar um supervilão, eles têm de pôr em ação seus super-heróis secretos.