I Eileen, som bygger på boken med samma namn av den berömda författaren Ottessa Moshfegh, får vi följa en säregen ung kvinna med en torftig tillvaro präglad av ständig misär. I det känslokalla 60-tals-Boston rör sig Eileen (Thomasin McKenzie) mellan sin fars slitna, smutsiga hus nedtyngt av känslomässiga minnen och sitt arbete på fängelset där kollegorna fryser ut henne. När en förtrollande kvinna börjar arbeta på fängelset blir Eileen helt tagen. Just när räddningen i form av en vänskap (eller kanske något mer än så) börjar uppenbara sig som ett enskilt ljus i Eileen kompakta mörker drar hennes nyfunna vän in henne i ett uppskakande brott som förändrar allt.