Mörkret lägger sig över GOTHAM. Mer ambitiösa och depraverade superskurkar visar sig. Förändringar i allianserna skakar om i maktkampen i Gotham City. Med detektiverna Jim Gordan och Harvey Bullock främst i kampen mot brottslighet i en farligt korrumperad stad, ser vi under säsong två hur Gordons moraliska kompass vacklar när han konfronterar Gothams mest beryktade brottslingar. Han fortsätter att försöka vinna unge Bruce Waynes förtroende. Bruce Wayne har helt slagit in på en väg som leder fram till den person som ödet vill att han ska bli. Detta efter att han upptäckt faderns största hemligheter. I en kamp om territorier vid första säsongens slut, har The Penguin kämpat sig fram till makten över Gathams undre värld. Under säsong två får vi höra i GOTHAM de föränderliga berättelserna om Edward Nygma/The Riddler och Selina Kyle/framtidens Catwoman, samt även var nya skurkar kommer ifrån, bland annat The Joker och Mr. Freeze.