Ledda av den antropomorfiska råttan Splinter ger sig de fyra sköldpaddshjältarna ut på New Yorks mörka gator för att bekämpa den organiserade brottsligheten som gäckar staden. Den undre världen har en ny aktör i Splinters gamla nemesis Shredder som med hjälp av sin fotklan tagit över, och bara de fyra ninjamutanterna kan bromsa deras framfart.