Efter tusentals år har Apocalypse, världens första och starkaste mutant, uppvaknat till en värld ledd av människor. Med avsikt att rensa mänskligheten från jorden rekryterar han en grupp mutanter för att skapa en ny världsordning. Professor X måste leda de unga X-Men i en desperat kamp för att rädda mänskligheten från ostoppbar fiende i en episk uppgörelse som kommer att avgöra världens öde.