Efter att han har dödat Xavier och befriat flera ondskefulla mutanter, vänder Magneto den återuppståndna Jean Gray - numera Phoenix, den starkaste mutanten av alla - mot X-Men. Medan Logan rekryterar medlemmarna av Xaviers ursprungliga grupp och tvingas konfrontera sitt förhållande med Storm, kliver Rogue och Iceman fram som X-Mens framtida ledare.