イオバード・ソーン、そして、“リージョン・オブ・ドゥーム”を倒したチームは、新たに生まれた脅威に直面する。すでに戻ったことのある時代に再び戻ったために、時間軸の本質的な部分を壊してしまい“アナクロニズム”を生じさせ、人間や動物や物質をさまざまな時代に散在させてしまったのだ！ 時間の流れが崩壊してしまう前に、チームはアナクロニズムを解消し、すべてを元の時間軸へ戻さなければならない。だが、チームが動き始めようとする中、リップ・ハンターと新たに設立された時空局が、彼らのやり方に疑問を投げかける。