第3シーズンの終盤で、ジェシーは姿をくらまし、マイクに追われることになった。ウォルターはウォルターで、ガスに見逃してもらうため一世一代の交渉に出た。死を免れるため必死のウォルターは、自分とジェシーを救う案を思いつく。昔、研究所の助手だったゲイルの殺害である。この案によって、ジェスは銃を片手に持ってゲイルの家に向かうことになるが、一方のウォルターはスーパーラボで人質になる。第4シーズンでは、ウォルターとジェシーは、プライベートと仕事の両方で予期せぬ事態への対処を余儀なくされる。緊張が高まるなか、ウォルターは雇い主であるガスと対決することになる。どちらも引き下がるつもりはないし、双方とも後戻りはできない。また、ウォルターは妻のスカイラーとも新しい関係を築かなければならない。スカイラーはウォルターとの関係修復を模索する一方、彼の金をクリーンにするためマネーロンダリングに執着するようになる。