FALLING SKIES begynder i de kaotiske efterdønninger efter rumvæseners angreb, som har lammet det meste af jorden. I de seks måneder, der er gået siden angrebet blev indledt, har de få overlevende fundet sammen uden for storbyerne for at indlede den svære opgave at kæmpe imod. Hver dag er en overlevelseskamp, når militser arbejder på at beskytte dem, de skal passe på, mens de samtidig skal kæmpe mod rumvæsenerne, hvis hensigt forbliver et mysterium. Mysteriet forstærkes for de tilbageværende efter rumvæsenernes massive invasion, når FALLING SKIES vender tilbage med anden sæson med mystiske nye væsener. Der er gået tre måneder, siden den tidligere universitetslektor, far til tre og overraskende leder af den civile oprørsgruppen, Tom Mason (Noah Wyle), frivilligt gik om bord på et af rumvæsenernes rumskibe for at befri sin søn og finde ud af, hvad deres plan er. Ingen har set ham eller hørt fra ham i al den tid, og hans fravær har tæret på hans sønner.