Un año y medio después de los eventos de la Temporada 3, Jack ha sido depuesto de la UAT y ahora trabaja para el Secretario de Defensa, James Heller. Además mantiene una relación sentimental con la hija de éste, Audrey Raines. Repentinamente Heller y su hija son secuestrados mientras Jack se encontraba de visita en la UAT. Un tren es atacado y un hombre obtiene de él un maletín misterioso tras eliminar a su guardia. Una familia árabe, los Araz, está involucrada, pero el hijo empieza a tener dudas. Jack usa apoyo de la UAT para perseguir a los secuestradores de Heller, quienes perparan una transmisión mundial con un juicio contra él. Operando solo, Jack logra rescatar a Heller y se descubre que toda la operación era en realidad un montaje para colapsar Internet permitiendo a un terrorista, Habib Marwan, tomar el control de todas las centrales nucleares de Estados Unidos. Jack logra encontrar a Dina Araz quien estaba escapando de su esposo y de Marwan, y ella le revela los planes de Marwan a la UAT a cambio de protección para su hijo. Jack y Curtis, su compañero en el campo, logran recuperar el control de las centrales pero Marwan se les escapa una y otra vez. La UAT va enfrentando los planes de Marwan, desde una bomba de pulso electromagnético en L.A. para ocultar información, o un intercambio de rehenes para demorar a la UAT, hasta el robo de un avión Stealth que es usado para derribar el Air Force One, forzando el nombramiento de un nuevo Presidente, mientras Marwan sigue escurriéndose de la UAT. La UAT corre con mala suerte hasta que, en una operación encubierta, Jack decide infiltrar el consulado de China para recuperar un testigo. Algo sale mal y el testigo y el cónsul de China mueren, aunque Jack y la UAT logran obtener información. Marwan lanza un misil nuclear a alguna ciudad de Estados Unidos y Jack hace un último esfuerzo para detenerlo, ofreciendo inmunidad a un peligroso criminal. Mientras tanto, los representantes de China quieren forzar a la Casa Blanca a ceder a Jack por lo que ha sucedido. Jack logra encontrar a Marwan y el misil es detenido, pero cuando Jack regresa a la UAT es avisado por un viejo amigo que la Casa Blanca, en particular Walt Cummings, lo quiere muerto para evitar que su conocimiento caiga en manos de los chinos. Jack trata de defenderse del Servicio Secreto en las instalaciones de la UAT, pero termina muerto. Sin embargo es todo una farsa: Jack ha sido ayudado por sus amigos a fingir su muerte y escapa. Sin embargo para todos los efectos, "Jack Bauer está muerto".