カリフォルニア州の聖ボナベントゥラ病院で働く自閉症の外科レジデント、ショーンは恋人リアからのプロポーズをショーンが受けて婚約する。結婚に向けて準備を進めるが、リアは２度目の結婚で慎重にならざるを得ない。一方、前シーズンの最後に中米グアテマラで外科チームとともに働いた医師マテオが急に米国に帰国。彼は愛し合う仲になったリムと交際を続け、聖ボナベントゥラ病院で働き始める。そんな中、赤字に苦しむ聖ボナベントゥラ病院が買収され、新しいボスの改革が大きな混乱をもたらすことに……。