カリフォルニア州の聖ボナベントゥラ病院で働く、自閉症の外科医ショーン。彼は医師としても人としても成長し、近所に住むリアと交際して彼女と婚約。前シーズンの最後、ショーンとリアは院内で仲間たちに祝福されながら結婚したが、ナースであるヴィラヌーヴァの元恋人オーウェンが彼女と外科医のリムを院内で刺す事件が発生。新シーズン、警備員から拳銃を奪ったオーウェンがまだ院内にいることが判明。病院は緊急封鎖されるが、院内にいる面々の運命は……。やがてそんなリムを救おうとしたショーンの手術をめぐり、思わぬ確執が生じる。一方、ショーンは外科医として一人前となり、忙しい仕事とリアとの新婚生活の両立に追われる。