ボーンズがさらにドラマチックになってシーズン８で戻ってくる！ シーズン７のラストから3か月後。娘のクリスティンを連れて逃亡生活を決心したブレナン博士は、無実をなんとか証明しようとしていた。ブレナン博士を陥れたペラントが殺人犯であるという証拠を見つけなければ博士はジェファソニアン研究所に戻ってこられない。事務職に回され、娘に会えないことからイライラが募るブース捜査官。ペラントのコード解読がはかどらないアンジェラにも焦りが出てくる。ブレナン博士が逃亡生活に終止符を打って無事戻ってこられるのか？　ブースは現場に復帰できるのか？　ブースとブレナンの挑戦は続く…。