このシーズンの幕開け「祈り」は、セカンド・シーズンの最終話「アナサジ」からまたがるエピソードである。話はさらに「ペーパークリップ」へと続き3部作を構成している。モルダーは無事だったものの、スカリーの姉メリッサが襲われるなど、相変わらず気の休まらない展開だ。このシーズンの特徴はファーストやセカンド・シーズンに比べると、 怪物”の登場するストーリーがほとんどなくなり、その代わりにUFOと政府を巡る陰謀譚が大きなウェイト占めてきている点にある。従ってモルダーやスカリーについても、事件の究明をしつつそれを覆い隠そうとする影の力と戦う部分に非常に大きな描写がさかれている。