Ebb Tide
Sesong 2, episode 1 Ikke klassifisert
HD
SD
Major Valchek hevner seg på Sobotka for kirkegavefiaskoen, og starter således en konflikt. Valchek øker innsatsen ved å be visekommisaer Burrell om å opprette en ny avdeling i jakten på Sobotka. Avon Barksdale leder fortsatt sitt imperium fra en fengselscelle. Han rådfører nevøen sin, D'Angelo, og prøver å få has på en fengselsvakt som trakasserer organisasjonens dømte hitman, Wee-Bey. Ved havneområdet blir havnepolitioffiseren Beatrice Russel sittende fast mens hun etterforsker smuglervarene som de fant i Grekerens container. McNulty bidrar med etterforskningen, om enn av hevngjerrige grunner. Til slutt blir detektivene Bunk Moreland og Lester Freamon tildelt oppgaven med å bistå Russell med å oppklare dødsfallene.
Collateral Damage
Sesong 2, episode 2 Ikke klassifisert
HD
SD
Major Valchek hevner seg på Sobotka for kirkegavefiaskoen, og starter således en konflikt. Valchek øker innsatsen ved å be visekommisaer Burrell om å opprette en ny avdeling i jakten på Sobotka. Avon Barksdale leder fortsatt sitt imperium fra en fengselscelle. Han rådfører nevøen sin, D'Angelo, og prøver å få has på en fengselsvakt som trakasserer organisasjonens dømte hitman, Wee-Bey. Ved havneområdet blir havnepolitioffiseren Beatrice Russel sittende fast mens hun etterforsker smuglervarene som de fant i Grekerens container. McNulty bidrar med etterforskningen, om enn av hevngjerrige grunner. Til slutt blir detektivene Bunk Moreland og Lester Freamon tildelt oppgaven med å bistå Russell med å oppklare dødsfallene.
Hot Shots
Sesong 2, episode 3 Ikke klassifisert
HD
SD
Detektiv Bunk og Freamon jakter åstedet - et containerskip - på vei til Philadelphia, og ingen i mannskapet finner det nyttig å kunne engelsk. Løytnant Cedric Daniels avskyr sitt eksil i beviskontrolltroppen, og lar det bli kjent at han kommer til å forlate avdelingen. På ordre fra Barksdale finner Bell en måte å lure kriminalomsorgsoffiseren Tilghman, som har trakassert Wee-Bey. McNulty forfølger identiteten til den ukjente kvinnen som ble funnet flytende i havna. Et par unge havnearbeidere - Frank Sobotkas sønn Ziggy og hans nevø Nick - stjeler en container med digitale kameraer og selger dem til menn som arbeider for Grekeren. Etter et illevarslende besøk fra sin onkel, Avon Barksdale, går D'Angelo med på å slutte å dope seg i fengsel, noe som er et klokt trekk på mange måter.
Hard Cases
Sesong 2, episode 4 Ikke klassifisert
HD
SD
Sobotka straffer sin nevø Nick for kameratyveriet og beordrer at han skal levere alt tilbake, men det er for sent. McNulty er på et selvtildelt moralsk oppdrag for å identifisere den flytende kvinnen, men hans gamle partner, Bunk, sier de har en mer presserende sak: Å få Omar til å vitne mot en skytter fra Barksdale i en av fjorårets mordsaker. For å berolige Valcheck, ber Burell Daniels om å lede avdelingen som etterforsker Sobotka, og Daniels sier seg villig. McNulty - som er på sitt andre moralske oppdrag denne sesongen - begynner å kurtisere sin fraseparerte kone, og gir løfter om en ny tilvaerelse og en ny Jimmy McNulty. Mens han fremdeles klamrer seg til et ørlite håp, skriver McNulty under på separasjonsavtalen.
Undertow
Sesong 2, episode 5 Ikke klassifisert
HD
SD
Ziggy mister sin dyrebare Camaro til narkotikalangere, som ikke kjøper alibiet hans om ikke å betale tilbake. Når han ikke kan dumpe drapsetterforskningen i fanget på andre politiorganer, legger oberst Rawls skylden på Bunk, hvis sakene forblir uløst. Dårlig kvalitet på produktene i gropen gjør at Bodie får høre det fra både venner og slengere. Drapsdetektiver deler ut storjurystevninger til bryggearbeidere som er involvert i drapssaken, og havnepolitimann Beadie Russell bruker de dvelende følelsene hos en gammel kjaereste - også en bryggearbeider - for å finne ut hvordan lasten forsvinner fra havnen. Inne i avdelingen er det stemning for at den pågående drapsetterforskningen kombineres med etterforskningen av Frank Sobotka og hans stab av fagforeningsbrødre.
All Prologue
Sesong 2, episode 6 Ikke klassifisert
HD
SD
McNulty forsøker å gi slipp på politiarbeidet for å få tilbake ekteskapet, og gir dermed opp identifiseringen av den ukjente kvinnen. Under etterforskningen av Sobotka, oppdager detektivene et mønster på datamaskinen og forklarer sammenhengen til Daniels, men han vil fortsatt ikke ta drapssakene. Sobotka prøver å spille et politisk spill på vegne av foreningen sin. Nick skaffer kjemikaliene som Vondas ber om, og tar imot penger og dop - klargjort for salg - som betaling. D'angelo vil leve livet utenfor Barksdales paraply, og tvinger Bell til å skaffe hjelp utenfra for å fikse problemet.
Backwash
Sesong 2, episode 7 Ikke klassifisert
HD
SD
Sobotka skjeller ut lobbyisten sin for fravaerende fremdrift med havnelovgivningen. Russell forteller Sobotka at etterforskningen er over, men en datamaskin i havnen blir klonet, og når en container forsvinner, følger etterforskerne etter. Samtidig kommer Greggs og Prez borti en krets av russiske prostituerte. Avdelingen går til Pearlman med to sett med bevis. Ingen av de kriminelle handlingene gjør at en kan benytte avlytting - men en narkotika-tilknytning gir saken det de trenger. Rawls klarer ikke å overtale Daniels til å håndtere drapene, men nye bevis gjør saken lettere. I det uharmoniske Barksdale-imperiumet, forsøker Bell å holde alt på grep i kjølvannet av en nylig tragedie.
Duck and Cover
Sesong 2, episode 8 Ikke klassifisert
HD
SD
På en fyllefest uten sidestykke, finner McNulty tilbake til sitt gamle jeg. Oppfordret av andre havnearbeidere til å sloss mot Maui, blir Ziggy ydmyket igjen, men redder seg senere, i baren. Bunk er bekymret over McNulty, og prøver å få Daniels, og Rawls, til å komme på lag. Etter litt arbeid er avlyttingen oppe og går - akkurat i tide til å stoppe en ny forsvunnen boks. En mistenkelig Sobotka møter Grekeren og Vondas, og de bestemmer seg for å endre rutiner. Herc og Carver registrerer sine imaginaere politiførstebetjentstillinger, og siden pakken fortsatt er svak, går virksomheten dårlig for Bodie og Poot.
Stray Rounds
Sesong 2, episode 9 Ikke klassifisert
HD
SD
Bodies forsøk på å øke salget ender dårlig, noe som tvinger Bell til å revurdere strategien. En velorganisert Ziggy involverer Johnny Fifty i en ny skøyerstrek som skal få grekerne til å tjene stort. McNulty, i skjul og i mindretall på horehuset, venter på «redningen» fra avdelingen. Daniels og Pearlman beholder fatningen etter at Valchek raser når målene endrer seg - og Burrell slår beina vekk under ham. Samtidig føler grekerene seg selvsikre, og starter opp virksomheten igjen.
Storm Warnings
Sesong 2, episode 10 Ikke klassifisert
HD
SD
Avdelingen bruker satelitteknologi til sin fordel. Bodie liker ikke at motstanderen Joes folk selger dop på hans område, men virksomheten går bra - inntil et nytt ansikt fra New York ankommer. Stringer Bell finner på en uventet løsning på problemet. En frustrert Valcheck besøker FBI i et forsøk på å oppnå gode resultater i havnen. Ziggys avtale med Double-G går fullstendig skeis. Nick lyver til Aimee, Greggs vurderer ideen om å bli mor, og Prez gjør en stor bommert. Avdelingen forbereder seg på en handling som de håper kan føre dem til mannen på toppen.
Bad Dreams
Sesong 2, episode 11 Ikke klassifisert
HD
SD
Klokken går, avdelingen gjør et desperat trekk, og Daniels skjeller ut Landsman for avsløringen. Nicks svik blir avslørt i det Sobotka overveldes av dårlige nyheter. Grekerne kommer lett ut av et kort møte med avdelingen, og Omars mistanker bekreftes. Avdelingen håper på å finne Vondas sjef, og Nick håper på å reparere forholdet med grekerne. Sobotka tvinges til å ta et vanskelig valg.
Port in a Storm
Sesong 2, episode 12 Ikke klassifisert
HD
SD
I siste episode av sesong to opplever avdelingen et tilbakeslag og trenger en ny samarbeidspartner, mens Russell og Bunk besøker Philadelphia på nytt på etter bevis. Bror Mouzone snakker med Stringer Bell vedrørende deres avtale, og får Bell til slåss mot en misfornøyd Avon Barksdale. Bubbles og Johnny gjør enda en skøyerstrek, og McNulty og Greggs kommer tilbake til Westside, hvor de oppdager nye forbindelser. Herc og Carver føler at de ikke blir respektert av de andre offiserene, mens Nick prøver å komme til enighet med grekerne - og seg selv. Omar og mannskapet hans har et nytt mål, og FBI er mindre troverdige enn de ser ut til.