FALLING SKIES börjar i de kaotiska efterdyningarna av en utomjordisk attack som har lämnat större delen av världen totalt utslagen. Under halvåret sedan den första invasionen har de få återstående överlevande gått samman utanför större städer för att påbörja den svåra uppgiften att slå tillbaka. Varje dag är ett överlevnadsprov för medborgarsoldaterna mot de utomjordiska ockupanterna, vars natur och syfte fortsätter att vara ett mysterium. Mysteriet djupnar för de återstående överlevande efter den massiva utomjordingsinvasionen då FALLING SKIES återvänder för sin andra säsong med mystiska nya varelser. Tre månader har gått sedan den före detta collegeläraren och trebarnspappan Tom Mason, den osannolike ledaren för den civila motståndsgruppen, frivilligt följde med utomjordingarna på ett av deras skepp för att befria sin son och ta reda på deras planer. Ingen har sett eller hört från honom under den tiden och hans frånvaro tär på hans söner.