Falling Skies börjar under det kaotiska efterspelet till en utomjordisk attack som förlamat nästan hela världen. Under de sex månaderna som gått sedan första invasionen har de fåtaliga överlevande slagit ihop sig utanför de stora städerna, för att börja den svåra uppgiften att försvara sig. Varje dag är en kamp för att överleva. Medborgargardet arbetar för att skydda människorna de har hand om. De är också med i ett uppror mot de ockuperande utomjordiska styrkorna.