人間社会を破壊し、地球を壊滅状態に追いやった核戦争から97年。当時の生存者は、12基の国際宇宙ステーションに乗り込み、地球の軌道上で幸運にも難を逃れた400人だけだった。年月が過ぎ、３世代目の子供が宇宙で誕生するようになった今、アーク（箱舟）と呼ばれる宇宙ステーションの人口は、数千人に膨れ上がっていた。人口と物資は厳密にコントロールされ、どんなにささいな罪であっても18歳以上の犯罪者は例外なく死刑に処されるが、それでもアークは資源の枯渇により破滅の危機に直面している。アーク内の空気が完全に消滅するまで残り3カ月。人類の滅亡をなんとか阻止するため、議会は少年院に収容されている少年少女100人を極秘裏に地球に送り込む。核戦争から100年近くの時を経て、地球の大気が人間の暮らせる環境まで回復しているかどうかを試すのが目的だった。初めて大地に降り立った彼ら〝100人（The 100）″を待ちうけるのは、環境変異によって劇的に変化した、危険な奇形生物や新たな種族たち。極限状態の中で、団結や衝突を繰り返しながら、人類存亡をかけた戦いは激しさを増す―果たして彼らは、次々と起こる決死のサバイバルに耐え抜き、生き残る道を見つけていけるだろうか―！？