過去5シーズンで地球上で生き残るため数を多くの犠牲を払い戦ってきたハンドレッドたちーしかし、何一つうまくいったことはなかった。そして滅亡した地球を離れ、冷凍睡眠から125年後。クラークとベラミーは、モンティの息子ジョーダンによって起こされる。モンティは当時、皆を乗せたエリギウス4号を、2つの太陽を持つ「アルファ」星に送っていた。（かつてエリギウス3号が目指した星）2人は主要メンバーを冷凍睡眠から起こし、かすかなSOS信号が発信されるアルファ星に調査チームとして降り立つ。そこは緑が生い茂り、普通に呼吸ができる地球のような環境だった。さらにアルファ星は惑星ではなく、衛星であることが新たにわかる。さらに進んでいくと、放射能シールドがある区域に遭遇。何とか切り抜けたクラークたちが目にしたのは立派な城と美しい集落だったーしかしそこには誰もいない。何かがおかしい。そう思ったのもつかの間、突然エモリがナイフを持ってマーフィーに襲いかかる。この時アルファでは日食が起きていた。